惲南田詩、書、畫皆造詣深厚，有“南田三絕”之譽。惲南田創作的山水畫題材廣泛，大幅求“勢”，小幅求“趣”，淡墨、淺色、濕筆，追求幽深、寂靜、清新、高逸的情趣。 惲南田的花鳥畫以似求不似，畫風清新雅麗，其沒骨畫法風靡一時，追隨者眾多。他自稱“徐家傳吾法”，他在繼承了徐崇嗣的沒骨花卉畫法的基礎上，又揉合了黃筌、徐崇嗣兩家的精髓，重視形象寫生，“以花傳神”。他的畫法是一種“點花粉筆點脂，點后復以染筆足之”的體貌，方薰認為這是“前人未傳此法，是其獨造”的新風貌，它融工筆與寫意之精華為一體，既有工筆畫形態逼真，更具寫意畫的傳神。